The hlavný rozdiel medzi gélovou elektroforézou a SDS PAGE je to gélová elektroforéza je technika používaná na separáciu DNA, RNA a proteínov, zatiaľ čo SDS PAGE je typ gélovej elektroforézy, ktorá sa používa hlavne na separáciu proteínov. SDS PAGE má spravidla lepšie rozlíšenie ako bežná gélová elektroforéza.

Gelová elektroforéza a SDS PAGE sú techniky v biotechnológii, ktoré pomáhajú pri separácii makromolekúl na základe náboja a veľkosti. Gélová elektroforéza obvykle používa na separáciu agarózové gélové bodky, zatiaľ čo SDS PAGE používa polyakrylamidové gélové bodnutie.

Pokryté kľúčové oblasti

1. Čo je to gélová elektroforéza - Definícia, postup, dôležitosť 2. Čo je to SDS PAGE - Definícia, postup, dôležitosť 3. Aké sú podobnosti medzi gélovou elektroforézou a stránkou SDS - Prehľad bežných funkcií 4. Aký je rozdiel medzi gélovou elektroforézou a stránkou SDS - Porovnanie kľúčových rozdielov

Kľúčové pojmy: agaróza, DNA, gélová elektroforéza, polyakrylamid, proteíny, SDS PAGE

Čo je to gélová elektroforéza

Gelová elektroforéza je technika, ktorá oddeľuje fragmenty makromolekúl, ako sú DNA, RNA a proteíny, na základe ich veľkosti a náboja. Pri gélovej elektroforéze sa makromolekuly pohybujú pod vplyvom elektrického poľa na gélovej matrici, ktorá obsahuje póry, ktorými sa makromolekuly pohybujú. Gélová elektroforéza je všeobecná technika, ktorá analyzuje DNA z PCR, RFLP, klonovania, sekvenovania DNA alebo blotovacích techník. Nanočastice je možné tiež oddeliť gélovou elektroforézou. Gélová bodka sa pripravuje z polysacharidu nazývaného agaróza odvodeného z morských rias. Agarózové gély pozostávajú z molekúl agarózy s dlhým reťazcom prepojených ako pavučina. Video 1 opisuje prípravu agarózového gélu.

DNA aj RNA obsahujú fosfátové skupiny v každom svojom monomérnom nukleotide. Preto majú v celej molekule rovnaký negatívny náboj. Okrem toho migrujú k kladnej elektróde pod elektrickým poľom. Rýchlosť migrácie závisí od veľkosti nukleovej kyseliny. Kratšie molekuly migrujú rýchlejšie cez póry, zatiaľ čo väčšie molekuly chvíľu trvajú.

Obrázok 1: Pásy DNA na agarózovom géli

Čo je to SDS PAGE

SDS PAGE (elektroforéza na dodecylsulfáte sodnom a polyakrylamidovom géli) je analytická technika používaná na oddelenie nabitých molekúl podľa veľkosti. V tomto procese sa SDS používa na izoláciu proteínov ich denaturáciou. Pretože SDS je detergent; tým sa naruší terciárna štruktúra bielkovín, čím sa zložený proteín zmení na lineárnu molekulu. Tiež pokrýva túto lineárnu molekulu proteínu s rovnomerným negatívnym nábojom. SDS PAGE sa skladá z dvoch gélov s rôznymi koncentráciami. Horná vrstva sa nazýva stohovací gél, do ktorého sa nanesú vzorky, zatiaľ čo spodná vrstva sa nazýva rozlišovací gél. Koncentrácia polyakrylamidu v stohovacom géli je 3,5-4% (veľká veľkosť pórov) a koncentruje proteíny v jednom páse. Koncentrácia polyakrylamidu v rozlišovacom géli je 4-20% (malá veľkosť pórov) a rozdeľuje proteíny na základe ich veľkosti. Video 2 ukazuje prípravu stránky SDS.

SDS PAGE poskytuje rýchle oddelenie proteínov, čo pomáha pri následnej analýze, ako je Western blot.

Obrázok 2: Proteínové pásy na stránke SDS

Pretože rozlišovacia schopnosť SDS PAGE je vyššia ako bežný agarózový gél, SDS PAGE pomáha oddeľovať malé fragmenty DNA s veľkosťou 5 až 500 bp.

Podobnosti medzi gélovou elektroforézou a stránkou SDS

Rozdiel medzi gélovou elektroforézou a stránkou SDS

Definícia

Gelová elektroforéza: Technika používaná na separáciu fragmentov makromolekúl, ako sú DNA, RNA a proteíny, na základe ich veľkosti a náboja

STRÁNKA SDS: Analytická technika používaná na oddelenie nabitých molekúl podľa veľkosti

Zloženie

Gelová elektroforéza: Rovnaké v celom géli; pozostáva z agarózy

STRÁNKA SDS: Dva gély s rôznymi koncentráciami; vyrobené z polyakrylamidu

Spustite konfiguráciu

Gelová elektroforéza: Horizontálny beh

STRÁNKA SDS: Vertikálny beh

Metodika castingu

Gelová elektroforéza: Nastavuje, ako chladne

STRÁNKA SDS: Nastavuje sa chemickou reakciou

Veľkosť pórov

Gelová elektroforéza: Veľkosť pórov nie je jednotná; čím vyššia je koncentrácia agarózy, tým menšia je veľkosť pórov

STRÁNKA SDS: Veľkosť pórov je jednotná; pomer akrylamidu k bis-akrylamidu určuje veľkosť pórov

Koncentrácia

Gelová elektroforéza: 0.5-2%

STRÁNKA SDS: 6-15%

Oddelenie

Gelová elektroforéza: 50 až 20 000 bp nukleových kyselín

STRÁNKA SDS: 5-250 000 000 Da proteínov

Podmienky

Gelová elektroforéza: Spravidla sa prevádzkuje za natívnych podmienok

STRÁNKA SDS: Denaturačné podmienky

Príprava

Gelová elektroforéza: Jednoduché

STRÁNKA SDS: Zložitý proces

Farbenie

Gelová elektroforéza: S etídiumbromidom

STRÁNKA SDS: Farbenie Coomassie alebo farbenie striebrom

Záver

Gélová elektroforéza je analytická metóda, ktorá oddeľuje makromolekuly, ako sú DNA, RNA a proteíny, podľa ich veľkosti. SDS PAGE je typ gélovej elektroforézy, ktorý sa používa hlavne na separáciu proteínov za denaturačných podmienok. Stránka SDS PAGE má v porovnaní s bežnou gélovou elektroforézou vyšší rozlišovací výkon. Hlavný rozdiel medzi gélovou elektroforézou a SDS PAGE je typ oddelených makromolekúl a ich postup.

Referencia:

1. „Gélová elektroforéza“. Khan Academy, k dispozícii tu2. „SDS polyakrylamidová gélová elektroforéza (SDS-PAGE).“ Inštitút Diamantina, 26. apríla 2017, k dispozícii tu

Obrázok so súhlasom:

1. „Gelová elektroforéza 2“ Von Mnolf-Fotografia urobená v Innsbrucku v Rakúsku (CC BY-SA 3.0) cez Commons Wikimedia 2. „Coomassie3“ od Yikrazuul-Vlastná práca (CC BY-SA 3.0) cez Commons Wikimedia