The hlavný rozdiel medzi exómom a transkriptómom je, že exóm je kompletná sekvencia všetkých exónov v génoch kódujúcich proteíny v genóme, zatiaľ čo transkriptóm je zbierka molekúl messengerovej RNA odvodených z génov kódujúcich proteíny. Exóm ďalej pokrýva 1 až 2% z celkovej sekvencie genómu, zatiaľ čo transkriptóm tvorí menej ako 4% z celkovej RNA bunky.

Exóm a transkriptóm sú dve zbierky sekvencií v génoch kódujúcich proteíny v genóme. Oba majú rôzne aplikácie v genomických štúdiách, ako aj v diagnostike chorôb.

Pokryté kľúčové oblasti

1. Čo je to Exome - Definícia, fakty, techniky 2. Čo je to Transkriptóm - Definícia, fakty, techniky 3. Aké sú podobnosti medzi Exome a transkriptómom - Prehľad bežných funkcií 4. Aký je rozdiel medzi Exome a transkriptómom - Porovnanie kľúčových rozdielov

Kľúčové pojmy

Exon, Exome, mRNA, gény kódujúce proteíny, transkriptóm

Čo je to Exome

Exóm je zbierka exónov v génoch genómu konkrétneho organizmu kódujúcich proteíny. Kódujúca sekvencia genómu je zoskupená do génov, ktoré môžu byť kódované pre proteíny alebo RNA. V prokaryotickom genóme nie je kódujúca sekvencia prerušovaná inými sekvenciami, zatiaľ čo v eukaryotickom genóme je kódujúca sekvencia génu prerušená nekódujúcimi sekvenciami nazývanými intróny. Zoskupené kódujúce sekvencie sa preto nazývajú exóny.

Obrázok 1: Exóny a intróny

V génoch kódujúcich proteíny RNA polymeráza počas transkripcie transkribuje intróny aj exóny do prekurzorovej mRNA. Inkorporované intróny sa odstránia počas nasledujúcich post-transkripčných modifikácií. Hlavnou technológiou použitou pri štúdiu exómu je sekvenovanie celého exómu (WES). WES sa podieľa na hybridizácii fragmentovanej DNA konkrétneho genómu s cieľom identifikovať cieľové sekvencie DNA, po ktorých nasleduje sekvenovanie.

Čo je to Transcriptome

Transkriptóm je celkový súbor mRNA exprimovaných v bunke. Predstavuje menej ako 4% z celkovej RNA bunky. Pretože transkriptóm špecifikuje zloženie proteómu, určuje biochemickú kapacitu tejto konkrétnej bunky. Tiež nie je možné syntetizovať transkriptóm konkrétnej bunky a počas delenia bunky sa vždy dostane do dcérskej bunky z rodičovskej bunky. Transkripcia, čo je proces produkcie RNA, je teda krokom na udržanie transkriptómu.

Obrázok 2: Transkriptóm pluripotentnej bunky

Na druhej strane, hoci každá bunka obsahuje informácie o produkcii celého transkriptómu druhu, expresné gény v bunke závisia aj od environmentálnych faktorov. Dve hlavné technológie používané pri štúdiu transkriptómov sú microarray a RNA-seq.

Podobnosti medzi Exome a transkriptómom

Rozdiel medzi Exome a transkriptómom

Definícia

Exome sa týka časti genómu pozostávajúcej z exónov, ktoré kódujú informácie pre syntézu proteínov, zatiaľ čo transkriptóm označuje celkový súčet všetkých molekúl messengerovej RNA exprimovaných v génoch organizmu. Hlavný rozdiel medzi exómom a transkriptómom je teda z tejto definície samozrejmý.

Význam

Exóm je teda celkový súbor exónov v génoch kódujúcich proteíny, zatiaľ čo transkriptóm je celkový súbor mRNA exprimovaných v bunke.

DNA alebo RNA

Exóm je tiež tvorený DNA, zatiaľ čo transkriptóm je tvorený RNA.

Čiastka

Exome predstavuje 1-2% z celkového genómu, zatiaľ čo transkriptóm predstavuje menej ako 4% z celkovej RNA bunky.

Úroveň

Ďalším rozdielom medzi exómom a transkriptómom je, že exóm je na genómovej úrovni, zatiaľ čo transkriptóm je na transkripčnej úrovni.

Techniky

Ďalej je sekvenovanie celých exómov technikou na určenie exómu, zatiaľ čo transkriptóm určuje mikroarray a sekvencie RNA.

Záver

Exóm je celý súbor exónov v genóme určený WES genómu. Exome je teda koncept založený na DNA. Transkriptóm je však koncept založený na RNA, pretože je to celý súbor mRNA bunky. Hlavným rozdielom medzi exómom a transkriptómom je ich koncept.

Referencia:

1. Warr, Amanda a kol. „Sekvenovanie exome: súčasné a budúce perspektívy.“ G3: Gény | Genomes | Genetics 5.8 (2015): 1543–1550. PMC. Web. 6. septembra 2018. K dispozícii tu2. Hnedá TA. Genomy. 2. vydanie. Oxford: Wiley-Liss; 2002. Kapitola 3, Transkriptómy a proteómy. K dispozícii tu

Obrázok so súhlasom:

1. „Introny DNA exónov“ Národného výskumného ústavu pre ľudský genóm-(Public Domain) prostredníctvom Commons Wikimedia 2. „Transkriptóm pluripotentných buniek“ Autor Grskovic, M. a Ramalho-Santos, M., Pluripotentný transkriptóm (10. októbra, 2008), StemBook, ed. Komunita pre výskum kmeňových buniek, StemBook, doi/10.3824/stembook.1.24.1, http://www.stembook.org. -[1] DirectStemBook Obrázok 2 Transkriptóm pluripotentných buniek. Grskovic, M. a Ramalho-Santos, M., Pluripotentný transkriptóm (10. októbra 2008), StemBook, ed. Komunita pre výskum kmeňových buniek, StemBook, doi/10.3824/stembook.1.24.1, http://www.stembook.org. (CC BY 3.0) prostredníctvom Commons Wikimedia