The hlavný rozdiel medzi hybridizáciou kolónií a plakov je to, že hybridizácia kolónií je metóda používaná pri selekcii bakteriálnych kolónií s požadovanými génmi, zatiaľ čo plaková hybridizácia je selekčnou metódou pre fágy s požadovanými génmi. Ďalej môže byť hybridizácia kolónií použitá pri skríningu knižníc na báze plazmidu alebo kozmidu, zatiaľ čo hybridizácia plakov sa môže použiť na skríning fágových knižníc.

Hybridizácia kolónií a plakov sú dve techniky používané pri skríningu genómových alebo cDNA knižníc. Hovorí sa im aj výťah kolónií a plaketový výťah resp.

Kolónia, hybridizácia kolónií, premietanie knižníc, plaketa, hybridizácia plakov

Čo je hybridizácia kolónií

Hybridizácia kolónií je skríningová metóda používaná pri selekcii bakteriálnych kolónií s požadovanou sekvenciou DNA. Hovorí sa tomu aj hybridizácia kolónie, prenos kolónií alebo pokovovanie repliky. Umožňuje skríning kolónií pokrytých vysokou hustotou. Pôvodný postup hybridizácie kolónií bol prvýkrát vyvinutý Grunsteinom a Hognessom. Najprv sa bakteriálne kolónie môžu transformovať na membránu a bakteriálne kolónie sa lyžujú, čím sa odhalia nukleové kyseliny. Potom sa exponované nukleové kyseliny fixujú na membránu ich denaturáciou a hybridizujú s rádioaktívnymi sondami.

Obrázok 1: Metóda hybridizácie kolónií

Kolónia je zhluk baktérií vyvinutý z jednej bakteriálnej bunky prostredníctvom nepohlavnej reprodukcie. Všetky bakteriálne bunky v konkrétnej kolónii majú teda rovnaké genetické usporiadanie, ako aj transformovaný genetický materiál. Baktérie sa spravidla transformujú pomocou plazmidových alebo kozmidových vektorov.

Čo je hybridizácia plakov

Plaková hybridizácia je skríningová metóda pre rekombinantné fágy. Ide o modifikáciu hybridizácie kolónií od Bentona a Devisa v roku 1977. Metóda sa tiež nazýva plaketový výťah. Plaque hybridizačný postup je podobný postupu hybridizácie kolónií a plaky sa vyberú kontaktom s nitrocelulózovou membránou. Nukleové kyseliny sa potom exponujú a fixujú na membránu hybridizáciou s požadovanými sondami.

Obrázok 2: Plaky na agarovej doske

Plaketa je jasná zóna na agarovej platni produkovaná konkrétnym bakteriofágom lýzou bakteriálnych buniek v tejto oblasti. Vzhľadom na menšie množstvo DNA prenesenej na nitrocelulózovú membránu hybridizácia plakov produkuje menej signálov pozadia.

Podobnosti medzi hybridizáciou kolónií a plakov

Rozdiel medzi hybridizáciou kolónií a plakov

Definícia

Hybridizácia kolónií sa týka spôsobu výberu bakteriálnych kolónií s požadovanými génmi, zatiaľ čo hybridizácia plakov sa týka skríningovej metódy použitej na identifikáciu rekombinantných fágov.

Vyvinutý

Hybridizáciu kolónií prvýkrát vyvinuli Grunstein a Hogness, zatiaľ čo hybridizáciu plakov prvýkrát vyvinuli Benton a Devis v roku 1977.

Typy knižníc

Hybridizácia kolónií zahŕňa identifikáciu knižníc na báze plazmidu alebo kozmidu, zatiaľ čo hybridizácia plakov zahŕňa identifikáciu fágových knižníc.

Počet výťahov

Kolónie je možné zdvihnúť jedenkrát, zatiaľ čo plaky možno zdvihnúť niekoľkokrát.

Signály na pozadí

Záver

Hybridizácia kolónií je skríningová metóda bakteriálnych kolónií v knižniciach produkovaných plazmidovými alebo kozmidovými vektormi. Na druhej strane je hybridizácia plakov skríningovou metódou bakteriofágov vo fágových knižniciach. Hlavným rozdielom medzi hybridizáciou kolónií a plakov je typ knižníc, ktoré sa testujú pri každom spôsobe.

Referencia:

1. Kaksonen, Anna. "Molekulárne prístupy k analýze mikrobiálnej komunity." Leaching - BioMineWiki, 20. apríla 2006, k dispozícii tu2. Dale, J W a P J Greenaway. "Identifikácia rekombinantných fágov hybridizáciou plakov." Methods in Molecular Biology (Clifton, N.J.)., Národná lekárska knižnica USA, k dispozícii tu

Obrázok so súhlasom:

1. „Hybridizácia blotov“ od Kaksonena - http://wiki.biomine.skelleftea.se/biomine/molecular/index_22.htm (verejná doména) prostredníctvom Commons Wikimedia 2. „M. plaketa smegmatis “Autor: Wazzzup7up - vlastná práca (verejná doména) prostredníctvom Commons Wikimedia